Undervisning i betydelsen föreläsning sker inte i någon större utsträckning när man arbetar med Storyline. I en Storyline sker undervisningen i stället till största delen genom att läraren ställer så kallade nyckelfrågor till eleverna. Nyckelfrågorna är starten på olika typer av aktiviteter som gör att eleverna funderar vidare och själva ställer frågor.

Nyckelfrågorna är centrala i Storyline och det är de som driver berättelsen framåt. De visar att läraren är genuint intresserad av att få ta del av de kunskaper, idéer och tankar som eleverna redan har.

Nyckelfrågorna skall vara öppet formulerade för att få fram så mycket som möjligt av det eleverna vet kring en fråga. Exempel på nyckelfrågor kan vara:
Hur föreställer ni er att...
Hur vill ni att...
Hur tror ni...

Nyckelfrågorna leder till att eleverna aktualiserar all den förförståelse på området som de har. I diskussioner med sina klasskamrater blir de ganska snart klara över att de vet vissa saker, är osäkra på andra och oense om ytterligare några. De arbetar med det de vet och kan och ställer upp hypoteser och teorier för hur de tror att saker och ting rimligen förhåller sig. Dessa teorier och lösningar på problem diskuteras sedan i klassen. Eleverna bygger modeller och konstruerar hur de ser på tillvaron eller som det står i läroplanen "Skolan skall sträva efter att varje elev befäster en vana att självständigt formulera ståndpunkter grundade på såväl kunskaper som förnuftsmässiga och etiska överväganden." Genom att läraren ställer öppna nyckelfrågor så kommer eleverna själva att vänja sig vid att ställa frågor.

Olga Dyste kallar denna typen av frågor för autentiska. Så här skriver hon i det flerstämmiga klassrummet: "Autentiska frågor är sådana som inte har ett på förhand givet svar, en egenskap de delar med det som ofta kallas ”öppna frågor” till skillnad från ”slutna frågor” (som har facitliknande svar). Det som dessutom utmärker autentiska frågor är att läraren inte sitter inne med svaret, och därmed blir också frågesituationen autentisk. Autentiska frågor ger eleverna möjlighet att komma med sina egna inlägg i diskussionen. I en autentisk frågesituation ställer man frågor för att man vill veta något. Att ställa autentiska frågor innebär att läraren är ute efter något annat än att kontrollera om eleven har lärt sig ett stoff som varit givet på förhand. Elevens förståelse, tolkning och reflektion är något läraren inte känner till i förväg, och därför signalerar autentiska frågor att detta är viktigt. (Det flerstämmiga klassrummet s 58)

Detta sätt att arbeta gör att det utvecklas ett respektfullt förhållande mellan elever och lärare. Eleverna känner att läraren bryr sig om vad de tänker, att det är ok att tänka annorlunda och att man får komma med egna förslag och idéer. Elever som är vana vid detta bemötande utvecklas till att ta ansvar och initiativ.